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故事讲述了小镇上发生了奇怪的事件，在慌乱的村民面前出现了一个持退魔之剑的谜一般的卖药人，他能够通过退魔之剑斩杀引起慌乱的妖怪，但是拔出退魔之剑需要聚齐"形"、"真"和"理"。形即由人的因缘所构成的妖怪的形态;真即事件的真相;理即当事人真实的想法。拔出剑后，变为驱魔人，斩妖杀怪。

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座敷童子篇

一个下雨天，一个包着头巾的怀孕妇人逃到了一家旅馆，但是旅店已经客满了，老板娘拒绝了孕妇的入住要求，但孕妇并没有离开，而是解下头巾，露出金发碧眼，并告诉老板娘自己是从将军家逃出来的，肚子里怀的是少爷的孩子，但夫人不想让她把孩子生下来，所以就派人追杀她，如果老板娘不收留她，那明天在旅店门口就会出现一尸两命。于是老板娘把她带到了一间从不住人的房间，在去房间的路上妇人听到了小孩的声音，但是这天旅馆里没客人带小孩来住，原来这家旅馆原本是家妓院，妓院里的女人怀孕了都是由老板娘堕的胎，而这些没出生就死了的小孩渴望出生，渴望被人爱，由此产生的怨恨让他们变成了妖怪，而最后还是母爱拯救了他们。在日本神话里座敷童子是带给人们幸福和好运的妖怪，只要他住在某人的家里，这个家就会非常的繁荣，《怪化猫》则是把座敷童子改编成了非常悲伤的故事 。

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物怪的形成，都有著令人怜悯的理。在座敷童子背后的事实，是贪图欢愉的男女激情后留下的证据，他们一来到这世上，却立即陷入不得不被杀害的命运。延续《怪~ayakashi~》的作画风格，《怪化猫》以现代高超的动画技巧表现江户时代浮世绘版画的生动，利用不常见的和式剪纸方式营造画面，产生水波纹的感觉，使场景在平衡之下更添加传说故事常有的虚幻感。主角身后极具生命力的背景，同样吸引著关注剧情发展的观众目光，导演将不想直接说出的剧情添加在色彩丰富的精彩场景之中，让观众可自行想像，这种使用暗喻手法点出故事重点的方法，不仅能清楚交代剧中一些暧昧难言的剧情，更增添观众观看时的乐趣。《怪化猫》系列比前作《怪~ayakashi~》更加唯美且具艺术性，例如:从天而降如花一般的雨滴、色彩缤纷转动的油纸伞以及旅馆里的一景一物等，完美衬托著剧情的发展。此外，以颜色鲜艳的和式纸门作为切换场景的节点，适时於每个段落间一开一合，搭配简短有力的声效节奏，用简单的手法交待场景转换，观众也可一目了然。除了场景之外，人物的穿著及夸张的脸部表情也是本作特色之一，为时而紧凑时而悬疑的剧情，添加了一些喜感，而在这系列动画中的卖药郎，情绪及表情也较在《怪~ayakashi 化猫》中，来得丰富且俏皮。